建文帝的下落被称为“明史第一谜案”。建文四年（年），打着“清君侧”的燕王朱棣率兵攻入应天城(今江苏南京)，宫中却突然燃起了大火，建文帝朱允炆及其太子朱文奎则在这场大火中神秘失踪。《明史》（卷4）：“或云帝由地道出亡。”不过建文帝并未在大火中死去，这是可以肯定的。虽然《太宗实录》（成祖原庙号太宗），称建文帝被朱棣以天子礼下葬，但崇祯帝在位时却亲口承认建文并无陵墓。既然并未在大火中死去，那么肯定是逃走了。那么建文帝逃到了哪里呢？这是中国历史上的一个不解之谜。关于建文帝的下落，史书上和民间流传着多种说法，但却并没有一种能够拿出令人信服的证据，多属于推测。众说纷纭，莫衷一是。自从朱棣夺位，建文帝下落不明，在全国各地先后出现多种关于建文帝踪迹的说法。不过很多人都认为建文帝出逃时穿着僧袍，所以很有可能出家为僧。正统五年（公元年），一个和尚自云南到广西，诡称建文皇帝。随后被逮捕调查，发现这是个冒牌货，他乃是钧州人杨行祥，随后下狱而死。随后，云南、贵州、四川等地均相传有帝为僧时往来迹，但后来证明都是假的。一种说法是建文帝选择了前往余杭县东明寺出家为僧。据万历年间的《钱塘县志·纪制》记载：“东明寺在安溪大遮山前，建文君为僧至此，有遗像。”而后世的《留青日札摘抄》等书也有类似记载。东明寺的大雄宝殿内右侧有朱允炆的塑像，殿柱上还有这样一幅对联：“僧为帝，帝亦为僧，一再传，衣钵相授，留偈而化；叔负侄，侄不负叔，三百载，江山依旧，到老皆空。”此外，当年的僧人们将朱允炆排列在祖师堂的第二位。第二种说法：朱允炆化名詹碧云，在江西上饶三清山的道观中的当了道士。在三清山的道观中，朱允炆修筑了“明治山詹碧云藏竹之所”的陵墓，留下了“方豪上”“都俞脱生”等字样。第三种说法：建文帝埋葬在福建省宁德市金涵乡上金贝村年1月，福建省宁德市金涵乡上金贝村发现的一个建于元末明初的和尚墓，福建博物院研究员王振镛负责该墓的整理工作。这个墓穴也是迄今为止福建发现的最大的和尚墓。所以他认为这是建文帝的墓。但后来，确认这个坟墓主人身份为僧人沧海珠禅师，而不是建文帝。第四种说法：建文帝藏身于湖南省永州市新田县龙池寺。近年来，经过考古人员几年的调查考证，在湖南省永州市新田县龙池寺发现了大量与建文帝有关的遗迹、遗物、碑刻及历史文献资料。龙池寺遗址还发现一块刻于清代的《益闻先师》碑，碑文曰：“益闻先师武穆而空者，系帝君也。帝君文宣而圣者，建帝君也耶。夫帝君以忠义之英风，春秋之大节上继先圣，下开后王，所谓千古一人者也……”考古学家认为“建帝君”就是指建文帝总之，关于建文帝的下落之谜，每一种说法都无法提供确凿的证据证明这是建文帝也许，建文帝的下落之谜就像历史上的其他谜案一样，永远也无法解开吧。
